Etwa von August bis November sind die auffallend rot-weißen Fruchtkörper des Lamellenpilzes in Laub- und Nadelwäldern weithin sichtbar. Er wächst auf saueren Böden, vorzugsweise unter Fichten und Birken, mit denen er eine Lebensgemeinschaft (Mykorrhiza-Symbiose) eingeht.
Häufig ist dann auch der schmackhafte Steinpilz nicht weit. Nachdem der Fliegenpilz die gleichen ökologischen Ansprüche hat, gilt er als "Steinpilz-Zeiger". Sein Verbreitungsareal umfasst die nördliche gemäßigte Klimazone und insbesondere die boreale Nadelwaldregion im Norden Europas, Amerikas und Asiens. Dort wird er aufgrund seiner halluzinogenen Eigenschaften von Schamanen der nomadischen Völker, mutmaßlich bereits seit der Steinzeit, für kultische Zwecke verwendet.
Vermutlich hat er von der berauschenden Wirkung (Gefühl des Fliegens) auch seinen Namen. Weniger wahrscheinlich ist der Erklärungsansatz, dass er früher in Stücke geschnitten, gezuckert und mit Milch übergossen als tödliches Lockmittel für Fliegen verwendet worden sein soll. Jedenfalls wird seine Giftigkeit deutlich überschätzt. Er ist nicht ansatzweise so giftig, wie sein naher Verwandter, der Pantherpilz (Amanita panthera), bei dessen Verzehr es wesentlich häufiger zu schweren Vergiftungen kommt.
Im Zusammenhang mit dem Fliegenpilz verwendete Bezeichnungen haben oft einen eindeutigen Bezug zur Welt der Märchen. So werden junge, noch geschlossene Fruchtkörper im Volksmund zum Teil als "Hexeneier" bezeichnet und das sich in den aufgeschirmten Hüten nach Regen sich sammelnde Wasser als "Zwergenwein". Ein altes mythologisches Paar stellen der Pilz und die Kröte dar. Wohl aufgrund der runzeligen, warzigen Haut wird der Fliegenpilz umgangssprachlich und in anderen Sprachen häufig auch als "Krötenpilz" bezeichnet.
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